La nueva forma de organizarse fue diseñada durante 2011 en la elaboración del plan estratégico. Esta forma o estructura es con intención de activar la alianza en los territorios por lo que se decidió conformar consejos territoriales, agruparse de acuerdo con los diferentes territorios con objetivos comunes, y un consejo nacional para reunirse cada dos meses y tomar decisiones sobre la alianza y sus acciones. Además de estos, existen espacios específicos, como el Espacio de Mujeres Mayas y el Espacio de Mujeres Jóvenes. El equipo de trabajo funciona para la gestión, la administración, facilitación y realizar todas las condiciones necesarias para los procesos políticos que como alianza se impulsan.

Consejos Territoriales

Son espacios de encuentro, intercambio, aprendizaje, comunicación, construcción colectiva y de toma de decisiones. Son espacios que vinculan lo pasado, presente y futuro de pensamientos, ideas, claridad y solución. Son espacios que armonizan, conjugan y recuperan la experiencia de vida para la acción de nuestra práctica cotidiana y política. Son una red de comunicación, confianza, acuerdos, apuesta y acciones para el cambio y la transformación social.
 Son espacios para la concreción de alianzas en los territorios, sus decisiones son vinculantes para el trabajo de las organizaciones integrantes y se constituyen en propuestas para el accionar político de la Alianza Política Sector de Mujeres.

Defensa del Territorio (Occidente)
Construcción de pensamiento y simbolismo
Nororiente-centro-sur
Centro-sur
Centro-(Sacatepéquez y Chimaltenango)

Espacio de Mujeres Mayas:

Una articulación entre mujeres mayas que son parte de las organizaciones y de la alianza; trabajan para visibilizar la problemática del racismo, las condiciones específicas de las mujeres indígenas y dar propuestas desde las cosmovisiones mayas. Han publicado módulos para las escuelas políticas y análisis sobre cómo hacer alianzas entre mujeres mayas y mujeres mestizas. Es un espacio para dialogar entre ellas y crear acciones, rituales, saberes para contribuir a lograr un bien común para las mujeres indígenas, las comunidades, y todas las personas.

Espacio de Mujeres Jóvenes

Éste se empezó a finales del año 2013, como necesidad de que las jóvenes tengan un espacio propio para discutir entre ellas. La primera actividad que se realizó fue un Encuentro de sexualidad, en donde más de 100 jóvenes participaron durante tres días para hablar, sentir y reflexionar sobre su sexualidad. Este espacio tiene el objetivo de activar y propiciar herramientas para que las jóvenes sean escuchadas y tomadas en cuenta en la sociedad como sujetas políticas.